Les motifs de l'interdiction   

 

 Le roi, souverain juge, entend donner à ses décisions l'apparence d'un procès mûrement réfléchi pendant quinze ans et reposant sur de nombreuses pièces soumises à un examen contradictoire.
   
Sur l'Académie 

 Les protestants n'ont eu aucune peine pour prouver la légalité de leur académie. Ils produisent les lettres patentes du 20 mars 1593 érigeant le collège ; ils prouvent aussi que les professeurs étaient rétribués par le trésor royal, par exemple, pour 3 333 livres en 1604.

 Le seul détail que peut leur reprocher le commissaire du roi est un léger empiétement de la cour du collège sur le terrain de l'Hôtel de Ville. Une simple rectification des clôtures suffisait. Ce fait ne justifie en rien une fermeture totale de l'établissement.
   

Sur le temple 

 Pour obtenir la destruction du temple, le syndic du clergé d'Anjou avance une série d'arguments spécieux :
- Le bâtiment et ses annexes seraient bâtis sur une ancienne voie publique ( l'actuelle rue du Prêche ) : en réalité, Duplessis-Mornay a acheté l'ensemble du terrain.
- Le temple est adossé à la muraille et dispose d'un accès à la tour du Bourg et sur le chemin de ronde, ce qui mettrait en péril la défense de la ville. En fait, les murs de l'ancienne cité sont désormais considérés comme sans valeur militaire - à la différence du château. Le représentant des églises protestantes a beau jeu de rétorquer que la chapelle du couvent des Cordeliers est elle-aussi adossée à l'enceinte du côté de la porte de Fenet et qu'il faudrait donc l'abattre en même temps.

 Cependant, la partie catholique avance quelques arguments plus solides. L'Edit de Nantes garantissait l'existence des églises déjà établies en 1596 et 1597. Les réformés saumurois prouvent sans peine qu'ils se réunissent depuis 1561-1562, que les actes de leur consistoire débutent au 18 juin 1589. Mais leur lieu de culte peut poser problème, car il est une construction familiale de Charlotte Arbaleste et de Duplessis-Mornay, qui n'en font donation au consistoire qu'en 1601. Une église est-elle pleinement érigée si elle ne possède pas son propre temple public ?
 C'est donc au nom d'un article de l'Edit de Nantes - qu'il s'apprête à révoquer - que Louis XIV ordonne la destruction du temple. La rédaction de cet arrêt du conseil devait être passablement embarrassée. Son texte demeure introuvable ; la destruction du temple est glissée dans la promulgation de l'arrêt interdisant l'Académie.